Durante la última década del siglo XIX y a principios del XX la aviación civil tuvo sus inicios en Colombia, donde frente a la necesidad de su regulación y supervisión, se planteó la Ley 126 de 1919, abarcando disposiciones tanto en materia de aviación militar, como en lo referente a la aviación civil.
Posteriormente, en el año de 1934 se creó la Comisión Técnica de Aviación dependiente del Ministerio de Industria, la cual se encargó de normalizar el sector aeronáutico, incluyendo aspectos relativos a las escuelas de aviación, cursos, títulos, calidad del personal docente, equipos y laboratorios, entre otros. Mediante el Decreto 2219 de este mismo año, la comisión pasó a denominarse Dirección General de Aviación.
Fue con la Ley 89 de 1938, que se dispuso la creación de la Dirección General de Aeronáutica Civil – DGAC, adscrita al Ministerio de Guerra como entidad encargada exclusivamente de todo lo relacionado con administración de la aviación y aeronáutica civil. A partir de esta norma, conforme a lo dispuesto por sus artículos 74 y 75, la enseñanza y el ejercicio de las profesiones relativas a la navegación aérea quedaron bajo la reglamentación del Gobierno Nacional.
En 1944, Colombia firmó el Convenio sobre Aviación Civil Internacional, conocido como el Convenio de Chicago, ratificado en el país mediante la Ley 12 de 1947, permitiéndole formar parte de la Organización de Aviación Civil Internacional - OACI. En este mismo año, se creó el "Departamento de Instrucción", como dependencia de la DGAC, cuya función específica consistió en el control, la vigilancia y el fomento de la enseñanza aeronáutica en todos sus niveles, con el propósito de garantizar el más alto grado de uniformidad en las reglamentaciones, normas, procedimientos y organización relativas a las aeronaves, personal, aerovías y servicios a la navegación aérea.
En el año de 1951, mediante el Decreto 1956 del 18 de octubre, se transformó la Dirección General de la Aeronáutica Civil en Departamento Nacional de Aeronáutica Civil - DNAC, adscrito al Ministerio de Obras Públicas, asignándole la administración de todos los aeródromos civiles de propiedad nacional a través de la Resolución 131 de 1952.
Luego, en 1954 se creó la "Escuela Nacional de Aviación Civil – ENAC", mediante el Decreto 2797 del 21 de septiembre, como un establecimiento público dotado de personería jurídica autónoma, dependiente del Departamento Nacional de Aeronáutica Civil - DNAC, cuyo objeto consistió en preparar el personal técnico para la aviación civil y propender por su fomento. En este mismo año, el Decreto 3269 del 10 de noviembre, creó la Empresa Colombiana de Aeródromos – ECA, como un establecimiento público dotado de personería jurídica y autonomía administrativa adscrito al Ministerio de Obras Públicas.
Posteriormente, con el fin de dotar a la autoridad aeronáutica de una autonomía administrativa y financiera se creó el Departamento Administrativo de Aeronáutica Civil (DAAC), mediante Decreto 1721 del 18 de julio de 1960, con unas funciones técnicas y administrativas específicas, para dirigir la política aeronáutica. Con este Decreto se deslindó la aviación civil de la militar, acorde con lo establecido en su artículo 62.
En el año de 1968, el Decreto 3140 del 16 de diciembre, reorganizó el Departamento Administrativo de Aeronáutica Civil – DAAC, disponiendo la creación del Fondo Aeronáutico Nacional – FAN, ente con personería jurídica, autonomía administrativa y patrimonio independiente, encargado de la construcción, administración de la infraestructura aeronáutica y operación de los aeropuertos y de las ayudas a la navegación. De igual forma, en su artículo 27, creó la "División de Entrenamiento" para formación de pilotos privados, comerciales, de fumigación, instructores de vuelo, controladores de tránsito aéreo, mecánicos de aviación y técnicos en sistemas electrónicos y radar. Posteriormente, en 1974, esta División cambió su nombre a "Centro de Adiestramiento Técnico Aeronáutico" y un año después se trasladó a Popayán, recibiendo el nombre de "Instituto Colombiano de Ciencias del Aire y del Espacio - INCCA".
En el año de 1977, el Decreto 2332 reorganizó el Departamento Administrativo de Aeronáutica Civil - DAAC y el Decreto 1815 del mismo año, en su artículo 2 contempló dentro de la estructura del departamento al "Centro de Estudios Aeronáuticos", dependiendo este de la Subjefatura del Departamento Administrativo de Aeronáutica Civil y estableció en su artículo 11 sus funciones encaminadas a:
1. Adelantar programas de instrucción y entrenamiento en materias de técnica aeronáutica, conforme a la política que para tal efecto sea establecida.
2. Promover y realizar programas de capacitación técnica para los servidores del sector aeronáutico civil de la nación.
3. Evaluar el contenido de la capacitación que, sobre las materias señaladas en los numerales anteriores, haya sido detenida en el exterior por los servidores del departamento, y
4. Las demás que se le encomiendes y correspondan a la naturaleza de la dependencia.
Luego, el Decreto 2171 del 30 de diciembre de 1992, reestructuró el Ministerio de Obras Públicas como Ministerio de Transporte, donde su artículo 67, dispuso que la Autoridad Aeronáutica se conformaría mediante la fusión entre el Departamento Administrativo de Aeronáutica Civil y el Fondo Aeronáutico Nacional, denominándose esta como la Unidad Administrativa Especial de Aeronáutica Civil – Aerocivil. El Decreto en mención, estableció en su Capítulo I, su naturaleza jurídica, estructura y funciones, y en su artículo 79, las funciones del Centro de Estudios Aeronáuticos, correspondiendo a las siguientes:
1. Elaborar el plan de actividades de formación y capacitación técnica aeronáutica para los funcionarios de la Entidad que cumplen funciones de protección al vuelo o desempeñen disciplinas especializadas de aviación civil, conforme a las necesidades del servicio; ejecutar dicho plan y evaluar sus resultados.
2. Propender por el adecuado nivel de formación académica de los funcionarios técnicos y su permanente actualización en materias aeronáuticas.
3. Experimentar procedimientos, normas e instrumental aplicables a los distintos servicios operativos y técnicos de la Entidad.
4. Coordinar con universidades y entidades nacionales, internacionales o extranjeras, la realización de cursos de capacitación en el área técnica y el intercambio de información y experiencias pertinentes.
5. De acuerdo con lo que disponga el estatuto de personal de la Entidad, apoyar a la Subdirección Administrativa y Financiera en el diseño de los sistemas de ingreso y promoción de los funcionarios de la Unidad y en la capacitación del personal administrativo.
6. Certificar sobre la idoneidad del personal técnico vinculado o a vincularse en la Entidad.
7. Mantener y administrar el Centro de Documentación de la Unidad Administrativa Especial de Aeronáutica Civil.
En el año de 1993, la Ley 105 estableció en su artículo 57, que el Centro de Estudios Aeronáuticos - CEA, funcionaría de acuerdo con la naturaleza jurídica de la Unidad Administrativa Especial de Aeronáutica Civil y su régimen académico se ajustaría a lo previsto en el artículo 137 de la Ley 30 de 1992, para efecto de impartir capacitación a nivel profesional que dé lugar al otorgamiento de títulos técnicos, universitarios y de especialización. En este mismo año, se inició la ejecución del Proyecto de Cooperación Técnica Col-93-018, suscrito entre la Aerocivil y la OACI, en virtud del cual el CEA incorpora el enfoque de formación establecido para los Centros de Instrucción de Aviación Civil reconocidos internacionalmente por dicha Organización. Como resultado de las actividades realizadas, Colombia adquirió el estatus de miembro pleno del programa TRAINAIR de la OACI, por lo que, a partir de esta fecha el CEA cuenta con el reconocimiento internacional como "Centro de Instrucción de Aviación Civil – CIAC".
Mediante el Decreto 2724 de 1993 se definió la estructura de la Aeronáutica Civil con el fin de dar cumplimiento a lo determinado por la Ley 105 de 1993, estableciendo en su artículo 13 las funciones del CEA, que básicamente continuaron siendo las establecidas por el Decreto 2171 de 1992.
Posteriormente, el Decreto 260 de 28 de enero de 2004, en su artículo 6 numeral 2.5 determinó que dentro de la estructura de la Unidad Administrativa Especial de Aeronáutica Civil - AEROCIVIL, hacía parte la "Oficina Centro de Estudios de Ciencias Aeronáuticas" y en el artículo 14 le fueron asignadas entre otras, las siguientes funciones de:
1. Proponer el plan general de formación y capacitación aeronáutica y aeroportuaria conforme a las necesidades de la entidad, en coordinación con la Dirección de Talento Humano.
2. Ejecutar los programas y actividades para garantizar la formación, capacitación y actualización de los funcionarios y aspirantes a la entidad.
3. Promover y fomentar en el nivel nacional e internacional la participación y el fortalecimiento académico en la materia.
4. Apoyar, fomentar y desarrollar programas de investigación en ciencias y tecnologías aeronáuticas, aeroespaciales y satelitales.
5. Acreditar la formación académica del personal aeronáutico egresado de sus diversos programas de formación y capacitación.
6. Apoyar programas de cooperación interinstitucional en ciencias y tecnología aeronáutica y aeroespacial en el nivel nacional e internacional.
7. Publicar y administrar la documentación académica y bibliográfica aeronáutica.
8. Asesorar y orientar en los asuntos propios de su competencia a la entidad.
9. Las demás que le sean asignadas de acuerdo con la naturaleza de la dependencia.
En el año de 2015, mediante Resolución 00111 del 20 de enero, la Oficina de Transporte Aéreo de la Unidad Administrativa Especial de Aeronáutica Civil, otorgó Permiso de Funcionamiento como Centro de Instrucción Aeronáutica al Centro de Estudios de Ciencias Aeronáuticas – CEA, para impartir el Curso Básico de Aeródromo (Controlador de Tránsito Aéreo), previo cumplimiento de la parte técnica con la Secretaria de Seguridad Aérea conforme el Certificado de Funcionamiento No. UAEAC-CCI-060 de diciembre de 2014.
De igual forma, en el año 2015, mediante la Resolución 0881 del 17 de abril se creó y organizó los grupos internos de trabajo del CEA y a través de la Resolución 0882 del 17 de abril de 2015, los cuerpos colegiados como órganos consultivos, de política, académicos y de tomas de decisiones en el Centro de Estudios de Ciencias Aeronáuticas, dando alcance al artículo 57 de la ley 105 de 1993, con el propósito de encaminarse al reconocimiento como Institución de Educación Superior.
En el año 2016, el CEA obtuvo el reconocimiento como Miembro Asociado Programa Trainair Plus – OACI CMDN por un término de 3 Años y con la resolución 000276 del 30 de enero de 2017, se adicionó el permiso de Funcionamiento del Centro de Instrucción Aeronáutico, al CEA.
Para el año 2017, con la Resolución 00276, el Centro de Instrucción Aeronáutica del "Centro de Estudios de Ciencias Aeronáuticas - CEA", adicionó los Cursos Básico de Aeródromo 052 y Recurrente de Servicio de Control de Aeródromo. Mediante la Resolución 143 del 27 de abril del mismo año, la Dirección Nacional de Bomberos de Colombia (DNBC) certificó al CEA como único Centro de Formación de los bomberos aeronáuticos de Colombia, para la gestión integral del riesgo contra incendio, la atención de rescates en todas las modalidades, atención de incidentes con materiales peligrosos y demás calamidades que conciernen al sector Aeronáutico.
Posteriormente, el Decreto 823 del 16 de mayo 2017, modificó la estructura de la Aerocivil, indicando en su artículo 3, el cambio en la denominación del CEA por "Centro de Estudios Aeronáuticos (CEA)". Por lo anterior, se expidieron actos administrativos, tales como la Resolución 1357 del 17 de mayo de 2017 que organizó los grupos internos de trabajo de la Aerocivil y específicamente en su título 9, las funciones de los grupos internos de trabajo del CEA, derogando la Resolución 0881 de 2015. Adicionalmente, con la Resolución 3057 de octubre 04 de 2017, se actualizó la conformación de cuerpos colegiados y comités del CEA, derogando la Resolución 0882 de 2017, fortaleciéndose así el diseño organizacional para el desarrollo de las funciones sustantivas de la educación.
De la misma manera, el CEA es reconocido mediante Resolución No. 143 de 2017 por la Dirección Nacional de Bomberos de Colombia como el único centro de formación de los bomberos en Colombia para la gestión integral del riesgo contra incendio, los preparativos de atención de rescates en todas sus modalidades y la atención de incidentes con materiales peligrosos y demás calamidades conexas propias del Sector Aeronáutico en Colombia.
En el año 2018, con el desarrollo y validación del curso "Investigación de incidentes ATS, una herramienta para el SMS", el CEA se hizo merecedor de la membresía Plena del Programa Trainair Plus de la OACI, que entre otras ventajas, le permitió a la institución acceder a una bolsa de más de 150 cursos estandarizados en áreas críticas de la aviación civil, con lo cual aumenta su oferta de capacitación, atendiendo de manera más amplia las necesidades de las áreas misionales de la Aeronáutica Civil. De igual forma, en este mismo año, el Ministerio de Educación Nacional – MEN, mediante Resolución 2909 de 21 de febrero, autorizó la asignación de código en el Sistema Nacional de Información de la Educación Superior SNIES al Centro de Estudios de Ciencias Aeronáuticas - CEA de la Unidad Administrativa Especial de Aeronáutica Civil – Aerocivil, y a través de la Resolución 016859 de 19 de octubre de 2018, el MEN corrigió el nombre de la Institución como Centro de Estudios Aeronáuticos - CEA.
En el 2019, con la Resolución 01469 del 20 de mayo, el permiso de funcionamiento del centro de instrucción del CEA fue actualizado respecto a "Centro de Estudios Aeronáuticos - CEA" y adicionó los cursos Básico Control de Aproximación y Área por Procedimientos, y Recurrente de Control de Aproximación y Área por Procedimientos. Actualmente el Certificado UAEAC-CCI-060 se encuentra en proceso de actualización por parte de la Secretaria de Seguridad Operacional y de la Aviación Civil de esta Entidad.
En el 2020, con la Resolución 8621 del 27 de mayo, se le otorga el Registro Calificado a la Institución Universitaria Centro de Estudios Aeronáuticos con el programa "Tecnología en Gestión de Tránsito Aéreo" con Registro SNIES 109430