La entidad estableció el sistema integrado de Gestión MECI y Calidad a través de la Resolución 1250/2012, definiendo los roles y responsabilidades de la implementación y mantenimiento del sistema de gestión, así:
Artículo 2. REPRESENTANTE DE LA ALTA DIRECCION PARA EL SISTEMA INTEGRADO MECI Y CALIDAD. Subdirector General de la Unidad Administrativa Especial de la Aeronáutica Civil.
Articulo 3 ADMINISTRADOR DEL SISTEMA INTEGRADO MECI Y CALIDAD. Jefe de la oficina Asesora de Planeación de la Unidad Administrativa Especial de la Aeronáutica Civil.
Articulo 6 EVALUACION DEL SISTEMA INTEGRADO DE GESTION MECI Y CALIDAD Jefe Oficina de Control Interno.