La investigación en el CEA tiene como objetivo fortalecer y propiciar la participación en redes de ciencia y tecnología existentes en el campo de la aeronáutica a nivel nacional e internacional, a partir de la investigación formativa, así mismo, dentro del marco del proyecto de certificación del CEA como Institución de Educación Superior.
Se pretende fortalecer los lasos de cooperación para el desarrollo de programas y proyectos en ciencias, tecnología e investigación aeronáutica con organismos de orden nacional e internacional, para posicionar al CEA como un referente de investigación y eje central de los programas académicos afines a las ciencias aeronáuticas en el país.