​​La investigación en el CEA tiene como objetivo fortalecer y propiciar la participación en redes de ciencia y tecnología existentes en el campo de la aeronáutica a nivel nacional e internacional, a partir de la investigación formativa, así mismo, dentro del marco del proyecto de certificación del CEA como Institución de Educación Superior. ​

Se pretende fortalecer los lasos de cooperación para el desarrollo de programas y proyectos en ciencias, tecnología e investigación aeronáutica con organismos de orden nacional e internacional, para posicionar al CEA como un referente de investigación y eje central de los programas académicos afines a las ciencias aeronáuticas en el país.